Unser Darm, aber auch andere Schleimhäute im Körper sowie unsere Haut, verfügen über ein bakterielles Mikrobiom. Das Mikrobiom des Darms beherbergt dabei mit etwa 99% aller Mikroorganismen die größte Population des Körpers. Es umfasst dabei etwa 1000 unterschiedliche Gattungen von Bakterien und noch mehr Spezies. Eine hohe Diversität gilt als Merkmal einer stabilen und resilienten Darmflora.
Dabei hängt die Besiedelung des Darms stark von unseren Ernährungsgewohnheiten, aber auch von der Einnahme von Medikamenten oder von Umwelteinflüssen, Stress, der Schlafqualität usw. ab. So kann z.B. eine zuckerreiche Ernährung oder eine Ernährung, die sehr ballaststoffarm ist zu einer reduzierten Diversität führen. Auch die Einnahme von Antibiotika, der Pille oder anderen Medikamenten kann das Gleichgewicht des Mikrobioms stören. Was oft übersehen wird – auch Alkohol oder desinfizierende Mundspülungen usw. können die Darmflora aus dem Gleichgewicht bringen. Die Bakterien, die bessere Lebensbedingungen im Darm vorfinden, vermehren sich entsprechend, was ggf. zu einer Schieflage im fein aufeinander abgestimmten Mikrobiom führen und unterschiedlichste Krankheitsbilder nach sich ziehen kann.
Die Bakterienstämme der physiologischen Darmflora lassen sich in aerob und anaerob wachsende Arten unterteilen. Zu den physiologischen Keimen gehören z.B. Enterokokken und E.coli. Beide gehören zu den aerob wachsenden Bakterienarten. Zu den Anaerobiern zählen z.B. Bifidobakterien und Laktobazillen, Akkermansia municiphila und Faecalibacterium prausnitzii.
Die Bakterienstämme haben zudem unterschiedliche Funktionen um Darm. So gibt es beispielsweise Stämme mit einer immunmodulierenden Funktion oder auch Bakterien, die Vitamine synthetisieren können, z.B. Vitamin B12, B6 oder K. Andere Bakterien scheiden Stoffwechselendprodukte aus, die den pH-Wert im Darm regulieren. Ein optimaler pH-Wert im Darm ist wichtig für die Abwehr von pathogenen Bakterienstämmen oder Pilzen. Dann wieder gibt es Bakterien, die die Mucinbildung im Darm anregen und so die Darmbarriere unterstützen. Andere haben eine muconutritive Funktion, d.h. ihre Stoffwechselendprodukte wie etwa kurzkettige Fettsäuren ernähren die Enterozyten.